《天行九歌》作为十年之久的《秦时明月》系列姊妹篇，两者在剧情上互通，很多在秦时系列里出现的线索与剧情，从天九时就已开始了。
1越王八剑、黑白玄翦
秦时没有第五部君临天下，墨家与流沙在撩遍秦时的张良撮合下，终于结束对立转而合作一起对抗共同的敌人——秦始皇嬴政。纵横双雄终于不再拿剑互砍而是把彼此的后背交给对方。但多年形成的专业怼师哥技能，卫庄一时还不能放下。两人闲聊时，庄叔提到多年前的上一次合作：越王八剑，黑白玄翦，是个不错的对手。而在天九第一季的最后，卫庄对上最终Boss玄翦，一个人明显打不过。第二季里纵横大战玄翦是无法避免的了。
流沙的成立
张良曾问过卫庄：你忘记流沙成立最初的目的了吗？而在九歌里我们终于知道流沙是怎样成立的。韩非邀卫庄、张良、紫女四人一同创立。天地之法，执行不怠。术以知奸，以刑止刑，这就是流沙。而韩非的愿景‘七国的天下，我要九十九’就是流沙的终极目标。
红莲与卫庄
从秦时流沙非常少的感情戏里，我们得以窥见赤练对卫庄的爱慕，却不了解这爱慕的源头与两人的关系。在天九里，我们终于看见了少女红莲与少年卫庄的初见。一个娇蛮可爱，正值让人怜爱的年纪。一个冷峻帅气、酷炫无比。两只一起宛若金童玉女，非常亮眼。